System oświaty miasta obejmuje przede wszystkim przedszkola, szkoły podstawowe, gimnazja, szkoły ponadgimnazjalne i artystyczne. W Szczecinie znajduje się ok. 70 przedszkoli publicznych i niepublicznych, po ponad 50 szkół podstawowych i gimnazjów, i ponad 150 szkół ponadgimnazjalnych. Do podstawowych zadań miasta w tej sferze należy podnoszenie jakości nauczania. W ostatnich latach prowadzona jest restrukturyzacja miejskiego systemu oświaty, która wymusza zamykania części placówek. Spotyka się to z protestami rodziców i samych uczniów.

W Szczecinie znajduje się ok. 20 publicznych i niepublicznych uczelni wyższych. Największe z nich to Uniwersytet Szczeciński, Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny, Pomorska Akademia Medyczna i Akademia Morska.